Utvrđivanje učestalosti rizičnih genskih polimorfizama rs10795668 (LOC338591), rs16892766 (EIF3H ), rs3802842 (LOC120376) i rs4939827 (SMAD7) u pacijenata s kolorektalnim karcinomom

Kirac, Iva (2012) Utvrđivanje učestalosti rizičnih genskih polimorfizama rs10795668 (LOC338591), rs16892766 (EIF3H ), rs3802842 (LOC120376) i rs4939827 (SMAD7) u pacijenata s kolorektalnim karcinomom. PhD thesis, Sveučilište u Zagrebu.

Preview

PDF Download (1MB) | Preview

Abstract

Background: Genome wide association studies (GWAS) have identified a number of single nucleotide polymorphisms (SNP) that influence the risk of developing colorectal carcinoma. The hypothesis of this study is that risk variants on rs10795668, rs16892766, rs3802842 i rs4939827 are more frequent in colorectal carcinoma patients than in Croatian general population. The aim of this study was to investigate the association between these SNPs and colorectal carcinoma in Croatian population. ----- Methods: The cohort was composed of 320 colorectalcancer cases and 594controls adjusted for age and sex. Samples were genotyped and statisticaly analyzed. For genotype-phenozype correlation analysis we recorded data on age, tumour histology, TNM and AJCC classification, size, grade and tumour location. ----- Results: We replicated the association of SNP rs4939827 and colorectal carcinoma (OR CT/TT= 0.66; OR CC/TT= 0.44, CI 95%; p= 6.5x10-05). However, we failed to replicate association with SNPs rs10795668, rs16892766 i rs3802842 and colorectal carcinoma in Croatian population. No genotype-phenotype correlations were found. SNP rs4939827 had 4,2% colorectal cancer variance explained. ----- Conclusion: SNP rs4939827 is associated with reduced risk for colorectal cancer development in Croatian population which is similar to other population of european ancestry. Larger cohorts and more studies are needed in order to validate results of previous GWAS and genotype-phenotype correlations.

Abstract in Croatian

Cijelogenomske asocijacijske studije su identificirale nekoliko polimorfizama pojedinačnog nukleotida (eng. single nucleotide polymorphism, SNP) biljega koji se povezuju s rizikom za razvoj kolorektalnog karcinoma. Hipoteza ovog istraživanja je da su rizične varijante biljega rs10795668, rs16892766, rs3802842 i rs4939827 učestalije u oboljelih od kolorektalnog karcinoma nego u općoj populaciji Hrvatske. Cilj ove studije bio je istražiti povezanost navedenih SNPova i kolorektalnog karcinoma u hrvatskoj populaciji. U ispitivanju je sudjelovalo 320 oboljelih od kolorektalnog karcinoma te 594 ispitanika iz opće populacije koji su s oboljelima bili upareni po dobi i spolu. Po genotipizaciji su podaci statistički obrađeni. Za korelaciju genotipa i fenotipa uzeti su podaci o dobi, spolu, patohistološkoj dijagnozi, TNM i AJCC klasifikaciji, veličini, gradusu, te lokalizaciji tumora. U sklopu ovog istraživanja pokazalismo povezanost biljega rs4939827 i kolorektalnog karcinoma (p= 6.5x10-05). Heterozigoti imaju smanjen rizik oboljevanja od kolorektalnog karcinoma u usporedbi s referentnim TT homozigotom (OR: CT/TT= 0.66), a u homozigota za protektivni alel CC učinak je još snažniji (OR: CC/TT= 0.44).SNP rs4939827 objašnjava 4,2% varijance pojavnosti kolorektalnog karcinoma. Nismo našli povezanost biljega rs10795668, rs16892766 i rs3802842 i kolorektalnog karcinoma u hrvatskoj populaciji. Također, nismo našli povezanost istraživanih genotipa s fenotipskim karakteristikama povezanih s karcinomom. SNP rs4939827 povezan je s rizikom oboljevanja od kolorektalnog karcinoma u hrvatskoj populaciji. Potrebna je veća skupina ispitanika i više studija kako bi se istražile povezanosti otkrivene cijelogenomskim studijama i potvrdile korelacije genotipa i fenotipa.

Actions (login required)

View Item

Downloads