Značenje molekularnih metoda u dijagnostici izvanbolničkih pneumonija uzrokovanih bakterijama

Mareković, Ivana (2008) Značenje molekularnih metoda u dijagnostici izvanbolničkih pneumonija uzrokovanih bakterijama. PhD thesis, Sveučilište u Zagrebu.

Preview

PDF Download (5MB) | Preview

Abstract

When conventional methods applied, etiology of community-acquired pneumonia (CAP) can be determined in 50-75 % of patients, and in those with unknown etiology antimicrobial treatment remains empirical. Polymerase chain reaction (PCR) is extensively being evaluated for diagnostic purpose. However, it is still not determined in which patients with CAP this expensive and technically demanding method should be performed in a routine practice. The aim of study was to determine if results of molecular methods are influenced by the severity of pneumonia and to evaluate empirical antimicrobial treatment with regard to results of conventional and molecular methods. This prospective study included 80 patients with CAP in which conventional and molecular microbiological methods for Streptococcus pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae and Legionella species were performed, and the severity of pneumonia was determined with Pneumonia severity index (PSI). Etiology of CAP was determined in 52, 5 % of patients. The most common bacterial pathogen was S. pneumoniae (31, 3 %). Atypical bacterial pathogens were determined in 16, 3 %, and mixed infections in 8, 8 % of patients. The frequency of bacterial pathogens was not significantly different according to patients' age, and M. pneumoniae was also a cause of pneumonia in elderly patients. The prevalence of C. pneumoniae IgG was higher in patients with chronic obstructive pulmonary disease (COPD). The majority of pneumococcal infections (64 %) were determined with pneumococcal urinary antigen. Sputum cultures were significantly less positive in patients with previously administered antimicrobial treatment (22,2 % vs 72,2 %; p=0,003). PCR for S. pneumoniae was positive in bronchoalveolar lavage fluid in three, and PCR for M. pneumoniae in sputum specimen in one patient. The number of etiologically diagnosed pneumonias, the frequency of bacterial pathogens and results of conventional microbiological methods were not different according to severity of pneumonia. BAL PCR results for S. pneumoniae were not significantly different between patients in PSI class I-III and IV-V (16,7 % vs 15,4 %; p=0,422). Empirical antimicrobial treatment evaluated according to results of conventional and molecular methods was adequate in 73, 7 % (28/38) of patients. Diagnostic yield of BAL PCR for S. pneumoniae is not influenced by the severity of pneumonia. Therefore, severity of disease is not a factor that determines whether BAL PCR should be included in microbiological work-up in patients with CAP. However, PCR applied to BAL specimens can give an additional diagnosis of pneumococcal pneumonia in patients in whom an invasive procedure for obtaining specimen is justified. This is the first study which provided scientific proof that empirical antimicrobial treatment in majority of patients with CAP, almost three quarter of them, is adequate.

Abstract in Croatian

Etiologija izvanbolničkih pneumonija se uz primjenu konvencionalnih mikrobioloških metoda utvrdi kod 50-75 % bolesnika, a kod onih s neutvrđenom etiologijom antimikrobno liječenje ostaje empirijsko i kasnije tijekom bolesti. Zbog toga se sve češće nastoje primijeniti molekularne metode, prije svega lančana reakcija polimerazom (PCR, prema engl. polymerase chain reaction). Do sada provedenim istraživanjima nije utvrđeno kod kojih bolesnika s izvanbolničkom pneumonijom bi izvođenje ovih skupih i tehnički zahtjevnih dijagnostičkih metoda bilo opravdano u svakodnevnom radu. Cilj istraživanja bio je utvrditi utječe li težina pneumonije na rezultate molekularnih metoda i evaluirati empirijski primjenjeno antimikrobno liječenje u odnosu na rezultate konvencionalnih i molekularnih mikrobioloških pretraga. U ovo prospektivno istraživanje uključeno je 80 ispitanika s izvanbolničkom pneumonijom kod kojih su napravljene konvencionalne i molekularne mikrobiološke pretrage za Streptococcus. pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae i Legionella species, te određena težina pneumonije pomoću indeksa PSI (prema engl. Pneumonia severity index). Etiologija izvanbolničkih pneumonija utvrđena je kod 52,5 % ispitanika. Najčešći bakterijski uzročnik bio je S. pneumoniae (31,3 %). Atipični bakterijski uzročnici utvrđeni su kod 16,3 %, a miješane infekcije kod 8,8 % ispitanika. Učestalost pojedinih bakterijskih uzročnika nije se statistički značajno razlikovala s obzirom na dob ispitanika, a M. pneumoniae bila je uzročnik bolesti i u starijoj dobi. Prevalencija C. pneumoniae IgG bila je češća kod bolesnika s kroničnom opstruktivnom plućnom bolesti (KOPB). Najveći broj pneumokoknih infekcija (64 %) otkriven je pneumokoknim antigenom u urinu. Kulture sputuma bile su statistički značajno rjeđe pozitivne kod bolesnika s prethodno primjenjenim antimikrobnim liječenjem (22,2 % vs 72,2 %; p=0,003). PCR za S. pneumoniae bio je pozitivan u uzorku bronhoalveolarnog ispirka (BAL) kod tri, a PCR za M. pneumoniae u uzorku sputuma kod jednog ispitanika. Broj etiološki razjašnjenih pneumonija, učestalost pojedinih bakterijskih uzročnika i rezultati konvencionalnih mikrobioloških metoda nisu se razlikovali u odnosu na težinu pneumonije. Rezultati BAL PCR-a za S. pneumoniae nisu se statistički značajno razlikovali između bolesnika PSI skupine I-III i IV-V (16,7 % vs 15,4 %; p=0,422). Empirijsko antimikrobno liječenje evaluirano na temelju rezultata konvencionalnih i molekularnih mikrobioloških metoda bilo je adekvatno kod 73,7 % (28/38) ispitanika. Težina pneumonije ne utječe na rezultate PCR-a za S. pneumoniae u uzorcima BAL-a, te stoga nije čimbenik koji određuje da li ovu molekularnu pretragu uključiti u mikrobiološku obradu bolesnika s izvanbolničkom pneumonijom. Ipak, kod bolesnika kod kojih je invazivna bronhoskopska pretraga opravdana, BAL PCR-om za S. pneumoniae mogu se otkriti dodatni slučajevi pneumokokne pneumonije koje nije moguće dijagnosticirati konvencionalnim metodama. Ovo je prvo istraživanje u kojem je znanstveno dokazano da je kod većine bolesnika s izvanbolničkom pneumonijom, njih gotovo tri četvrtine, empirijsko antimikrobno liječenje adekvatno.

Actions (login required)

View Item

Downloads